秀嶼作業區連片經營1#、4#、5#、6#等4個多用途件雜貨碼頭，最大可靠泊5萬噸級船舶，年設計吞吐量258萬噸，主要從事散貨、木材、水泥、鋼材、糧食等貨物裝卸、堆存業務。秀嶼作業區擁有華東、華南地區唯一的進口木材檢疫除害處理區以及相配套的設施，年處理能力達200萬立方，是東南沿海地區進口木材的中轉樞紐。